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按照過往的經驗，人類嬰兒在初生的幾天內，更喜歡看從生物學上講有意義的運動，而并非在生物學沒有意義的運動，這是很多其他物種也都具有的一個能力。如今，學者們展示的對患有自閉癥的兩歲兒童所做的研究表明，這些兒童不朝生物運動的點光源顯示(由玩“躲貓貓”等簡單游戲的動畫人物組成，標注出“運動點”)看，但卻被動畫片的其他某些特征所吸引(例如人物的顏色，線條的粗細等)，而這些特征又是沒有自閉癥跡象的兒童所忽略的。這種行為差異可能反映了自閉癥患者大腦功能發生的變化，并且還可能導致自閉癥患者會有的在社會互動方面的困難。
目前已知的可能與自閉癥有關的腦部區域。
自閉癥兒童的大腦中通常會出現胼胝體異常的狀況。
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